Alors que la compagnie Shinra épuise l’énergie vitale de la planète, Cloud et ses compagnons quittent Midgar pour traquer Sephiroth à travers le monde. Parallèlement, le destin s’obscurcit : Zack Fair lutte pour sa survie aux portes de la cité, le Wutai déclare la guerre à la Shinra, et les mystérieux manteaux noirs transportent la dépouille de Jenova. Face à ces menaces et aux fils du destin qui s’entremêlent, les Armes, protectrices colossales de la planète, s’éveillent pour surgir de la Rivière de la Vie.
